冷凍真空干燥機的真空系統的應用特性是主要包括抽水蒸汽的能力，凍干箱空載極限真空度和凍干箱出口處的有效抽速這3大指標。無論何種干燥，其本質都是需要去除物料中的水分。冷凍真空干燥是在低溫低壓下去除從物料中升華出來的水分。因此冷凍真空干燥機的真空系統必須能抽除水蒸汽。真空系統還必須有足夠的抽速和抽出水蒸汽的能力。

冷凍真空干燥機適合應用于樣品量較少，凍干工藝相對簡單的實驗凍干應用。除了直接在冷阱內直接干燥外，一般情況下干燥過程是從室溫至產品最高允許溫度。

冷凍真空干燥機選型的產品共晶點及共熔點溫度不低于-20℃。單支裝樣量不足的情況下，從預凍結束建立真空過程中不會發生表面溶解。凍干工藝過程要求的極限真空度不低于8Pa。凍干工藝相對簡單，不需要過程控制預凍溫度、真空度。

真空系統的真空泵最好選用能抽除部分水蒸汽的，以防真空冷凍干燥機性能變壞，水蒸汽進入真空泵內，造成泵油乳化，真空度降低。為縮短抽氣時間，最好裝設一臺水環泵，直接與凍干室連接。當前凍干機上用的真空系統主要分兩類，一類是直接抽水蒸汽的真空泵，另一類是捕水器加真空泵。前者結構簡單成本低，但必須配備蒸汽鍋爐，操作不慎尚有返水的現象；后者結構復雜，成本高，但真空度較高，運行可靠。