冷凍真空干燥機所采用的工藝路線的影響，如對物料的凍結終溫、凍結速率、加熱溫度、升溫速率及時機的確定和把握等都會對干燥速度和運行成本產生影響。凍干成本包含原料、人員工資、設備運行等成本。

    冷凍真空干燥機凍干機本身的影響。凍干機的性能、極限參數指標、綜合能力、能源利用率、運行穩定性、操控難易程度等都會對干燥效率和運行成本產生影響，甚至嚴重影響。

    由于冷凍真空干燥機物料中水分在預凍以后以冰晶的形態存在，原來溶于水中的無機鹽類溶解物質被均勻地分配在物料之中。升華時，溶于水中的溶解物質就析出，避免了一般干燥方法中因物料內部水分向表面遷移所攜帶的無機鹽在表面析出而造成表面硬化的現象。干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速而完全，幾乎立即恢復原來的性狀。